総合型選抜（ＡＯ入試）
近年、特に重視されている入試方式です。学力では測れない個性豊かな人材を求めることを目的としており、大学入学にあたっての目的意識や培ってきた実力、熱意・意欲を重視しています。
また、選考方法にも、面接のほか、セミナー受講、レポート作成、研究発表といった個性豊かなものがあり、受験性を多面的に評価しようとする傾向があります。
推薦入試
学校長の推薦が必要なもの（公募制、指定校推薦）と、受験を希望すれば誰でも受けられるもの（自己推薦）とがあります。
受験資格として評定平均（内申）の基準を設けているところが多く、また、学力だけでなく、個人の特化した能力を判定するものなども増加してきています。
推薦入試の実施大学は年々増え続け、今ではほとんどの私立大学と９割程度の国公立大学で実施されています。
過去17年間の主な進学先（2007年3月〜2023年3月の卒業生累計約260名）
| お茶の水女子大学 | 文教育学部 | |
| 岡山大学 | 理学部 | |
| 筑波大学 | 情報学群ほか | |
| 東京藝術大学 | 美術学部 | |
| 東北大学 | 理学部ほか | |
| 東京都立大学 | 法学部 | |
| 学習院大学 | 文学部 | |
| 関西大学 | 社会学部 | |
| 関西学院大学 | 総合政策、社会、理工学部ほか | |
| 北里大学 | 獣医学部 | |
| 慶應義塾大学 | 総合政策、環境情報、法学部ほか | |
| 甲南大学 | マネジメント創造学部 | |
| 国際基督教大学 | 教養学部 | |
| 上智大学 | 外国語、神学部ほか | |
| 昭和女子大学 | 生活科学部 | |
| 聖心女子大学 | 文学部 | |
| 聖マリアンナ医科大学 | 医学部 | |
| 仙台白百合女子大学 | 人間学部 | |
| 中央大学 | 法学部、文学部 | |
| 津田塾大学 | 学芸学部 | |
| 東京農業大学 | 国際食料情報学部ほか | |
| 東京薬科大学 | 生命科学部 | |
| 東京理科大学 | 理工、基礎工学部 | |
| 東北学院大学 | 教養学部 | |
| 日本大学 | 生産工、国際関係学部ほか | |
| 武蔵大学 | 社会、経済学部 | |
| 明治大学 | 経営、理工学部ほか | |
| 明治学院大学 | 国際学部ほか | |
| 立命館大学 | 政策科学、国際関係学部 | |
| 立命館アジア太平洋大学 | アジア太平洋学部ほか | |
| 早稲田大学 | 創造理工、先進理工、教育学部ほか |
その他
そのほかに、国内は、九州大学、東海大学、実践女子大学、フェリス女子学院大学、東北福祉大学、日本薬科大学、横浜薬科大学、武蔵野美術大学など、全国各地の大学に進学しています。
海外は、オレゴン大学（米国）、グラスゴー大学（英国）、シェフィールド大学（英国）、トロント大学（カナダ）、香港大学(香港)、マンチェスター大学（英国）などへの進学も果たしています。
国内進学、海外留学ともに、経験豊富な進路カウンセラーが親身になってアドバイスを行います。
文系、理系について
文系への進学が目立つ年もあれば、その逆の年もあります。ヨハネ研究の森コースでは「文系」「理系」を単純に得意教科で分けることをせずに、一人ひとりの持ち味や将来の進路特性などを考え合わせた上で検討していきます。
主な大学院進学先
京都大学（文学研究科）、東京大学（総合文化研究科）、東京工業大学（地球惑星科学科）、立命館大学（公共政策大学院）、慶應義塾大学（先端生命科学）他。 海外は、トロント大学（Law School）カリフォルニア州立大学（MBA）、テキサスA＆M大学（Petroleum engineering）、北京大学、ほか多数。
ヨハネ研究の森では、本格的に専門領域を極めたいという志望者には、大学院や海外での研究活動を積極的に後押ししています。
